«ҚТЖ — Жүк тасымалы» АҚ 2016 жылғы маусым айында Бизнесті трансформациялау бағдарламасының шеңберінде мақсатты ұйымдық құрылымға кезеңдік ауысу бойынша жобаны іске асыру нәтижесінде құрылды. Бұл жоба «ҚТЖ» ҰК» АҚ еншілес ұйымдарының бір қатарын оңтайландыруға мүмкіндік берді.
«ҚТЖ — Жүк тасымалы» АҚ құрылымында Қазақстанның темір жол желісі бойынша клиенттерге қызмет көрсететін жолдар мен локомотив деполары бөлімшелерінен қалыптастырылған және жүктерді тасымалдау бойынша қызметтердің толық кешенін ұсынатын филиалдық желісі бар.
ҚР Үкіметінің 2017 жылғы 29 қыркүйектегі қаулысымен «ҚТЖ — Жүк тасымалы» АҚ Ұлттық жүк тасымалдаушысы мәртебесі меншіктелді. «Теміржол көлігі туралы» заңына сәйкес, Ұлттық тасымалдаушы алдында келесі міндеттер тұр: әскери және арнайы тасымалдарды, пойыздарды қалыптастыру жоспарын орындау. Мұндай мәртебеге ие болу – мемлекет тарапынан жоғары сенім білдірудің дәлелі.